Kontakta ambassaden och undersök hur de ställer sig till det faktum att du kommer befinna dig lite här och där i landet... Borde inte vara några problem att få tag på visumet men man söker ofta ett turistvisum till en specifik ort men måste också ange alla transit-orter man kommer befinna sig i.
För visumhjälp kan du kontakta
http://www.iventustravel.se/index.php?subj=visum
De har hållt på länge med Rysslandsresor och borde kunna svara på din fråga.
Ska själv till Archangelsk i december (inte på hoj...) och får visum fixat av universitetet där, måste dock fortfarande ange exakt vilka städer jag ska passera igenom (Petersburg, Moskva) på vägen dit. Dessutom så väntar en registrering i Archangelsk (vanligtvis hos snuten).
Min erfarenhet efter några privatresor till Ryssland är att allt går att ordna men man måste bara ha lite framförhållning och vara lite flexibel när man väl är där.