Wunder, jag tar fram min batmanlampa och kallar på dig.
Är detta något att beakta, ligger det något i detta?
https://off-guardian.org/2020/06/27/covid19-pcr-tests-are-scientifically-meaningless/
Finns hänvisning i i texten hit(
https://uncoverdc.com/2020/04/07/was-the-covid-19-test-meant-to-detect-a-virus/?PageSpeed=noscript) så ni som läser inte missar det.
Även det som står under sid 39 - "Performance Characteristics" här
https://www.fda.gov/media/134922/download
Mycket text. Liten substans.
De drar bara olika argument som var för sej är ganska svaga, och de menar att detta sammantaget skulle tala mot qPCR som en pålitligt analytisk metod. De ignorerar helt och hållet att metoden inte bara vilar på solid teoretisk grund, de ignorerar också att qPCR även fungerar utmärkt i praktiken. Det används världen över för mängder av olika nukleotidsekvensanalyser, inte bara Coronavirus. qPCR har nu använts rutinmässigt för analyser i dryga 20 år, och antalet tillämpningar ökar fortfarande.
Erfarenhetsmässigt märker vi alltså inte av de problem de listar i artikeln.
Yes.
1.Det här med gold standard och cq/antalet cykler är intressant. Kommer ett prov från en osmittad som körs tillräckligt många cykler(rent hypotetiskt oaktat vad MIQE anger) till slut att visa positivt?
2.Skulle man se ett värde i att komplettera PCR med annan metod? Går det att göra utifrån samma provtagningsmaterial? Funkar det rent praktiskt map tid/resurser osv?
Mera:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6374950/pdf/main.pdf
3....om steget från RNA till cDNA som görs vid PCR.
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1808
...sensitivity och specificity förklaras i bilden högst upp.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7361438/
Tog mej friheten att numrera i ditt inlägg.
1, Det beror på hur qPCR-analysen är utformad. Olika laboratorier och olika tillverkare har olika metoder. En av de mer specifika brukar man kort och gott kalla "
TaqMan", denna slår i princip aldrig positivt oavsett hur många cykler man kör, om inte provet innehåller rätt sekvens. Däremot gissar jag att de flesta laboratorier laboratorier kör "vanlig" qPCR av kostnadsskäl. Dessa brukar slå "positivt" innan 40 cykler även om provet inte innehåller rätt sekvens. Antalet cykler beror också på testets kvalitet, ju bättre och renare test desto senare blir omslaget. Eftersom produkten är en amplifierad nukleotidsekvens finns metoder att kolla om denna sekvens är resultatet av skräp eller det man vill hitta, t.ex. kan man kontrollera smältpunkt eller separera på gelelektrofores. Det vanliga vid sena omslag är att produkten bara är skräp, och därför har varje lab en gräns för hur många cykler man accepterar innan ett omslag bör ha skett. Omslag som sker efter denna gräns antas vara skräp och de svaras ut som negativt resultat. Denna metod har alltså en större risk för falskt negativa än falskt positiva.
2, Ja, det finns andra sätt än PCR för att detektera virus. PCR-tekniken utvecklades på 80-talet och började komma in på labben under tidigt 90-tal. Före dess kunde man detektera virus på olika sätt.
Ett sätt var att sönderdela infekterad vävnad, filtrera och sedan ultracentrifugera för att koncentrera viruspartiklarna, sedan leta efter dem i elektronmikroskop. Nackdelar är att det är arbetsintensiv och det krävs mycket provmaterial, som kanske inte kunde tas från levande individer.
Ett annat sätt är att odla viruset i levande celler. För detta har man vanligen olika cell-linjer med ursprung i cancertumörer, vilket innebär att de fortlever och kan föröka sej oändligt. Tillsätter man virus till cellodlingen och ser att cellerna börjar lysera så kan man dra slutsatsen att viruset infekterat och dödat cellen. Detta är också ett sätt att föröka viruset för andra analyser.
Sedan finns det också olika immunbaserade tekniker för att påvisa virus, t.ex.
ELISA. Dessa brukar fungera hyffsat väl, men har nackdelen att de kräver framrenade specifika antikroppar i stor mängd. Immunbaserade metoder är också mer arbetsintensiva, långsammare, mindre känsliga och totalt sett dyrare än PCR-baserade tekniker.
Sammantaget är PCR vårt bästa analysinstrument för påvisning av patogena organismer.
3, Märkligt påstående. I praktiken fungerar RT-PCR bra och framförallt väldigt förutsägbart.