1)
Det är under miljoner av år som det här processerna vid ombildning till kolväten tar på sig. Inte 100år som är de tidsperspektiv vi pratar om med global uppvärmning pga(?) människan. Det långa tidsspannet gör att kretsloppet hinner anpassa sig till olika förutsättningar.
2)
Det här skulle nog en geolog behöva svara på. Men t.ex så kan ju ett djur fastna och dö i en lerflod som sen torkar tills vi återupptäcker det några miljoner år senare.
"Sten" som du nämner kan t.ex vara sediment. Vattnet har inte försvunnit utan kustremsor har flyttats pga Jordens geologiska liv, de tektoniska plattornas konstanta förflyttningar. Kollar man på en karta var många av oljefyndigheterna finns så är det i havet eller på land i närheten av hav. Länk
Men det tog miljoner år att bilda oljan av planktonen, planktonen kan ju inte ha blivit så värst gamla om dom dött i ett fungerande hav. Vid någon tidpunkt måste ju havet dött och torkat ut för att sediment och plankton skall bli inkapslat i sten.
Kort och kott, hur liten var jorden när oljan bildades och vad utgjorde/kom materialet som lades ovanpå?